Eggman giải phóng thần hủy diệt Hỗn loạn đã bị phong ấn 4.000 năm. Hắn gia nhập đội quân Nhím Shadow và rắp tâm trả thù nhân loại.

Một nhiệm vụ thất bại đưa Nhím Sonic, các bạn, bác sĩ Eggman và 7 viên Ngọc lục bảo Hỗn loạn tới một chiều không gian khác: Trái Đất.